ב-31 באוקטובר 2005 התקיימה האסיפה הכללית הראשונה של העמותה. האסיפה נערכה במסגרת כנס גדול של העמותה שהתקיים, שוב באדיבות יד ושם, בהיכל ווהלין.
הכינוס נפתח בסקירה כללית של ראשי הועדות השונות של העמותה, אשר דיווחו על פעילות הועדות בתחומי סיוע ותמיכה לניצולי שואה; תיעוד סיפורי ניצולים; השבת רכוש; תמיכה בבני הדור השני ועידוד מחקרים בנושא; קשר עם חסידי אומות העולם; הנחלת מורשת השואה ולקחיה; מאבק באנטישמיות ובהכחשת השואה; הנצחה; עידוד אמנים בני דור שני; הגברת מעורבות בני דור שלישי.
בהמשך הרצתה הסופרת נאווה סמל, מחברת "צחוק של עכברוש", הספר שהעלה לדיון ציבורי את נושא "הדור השני". סמל ריגשה את המשתתפים בדברה על תהליך הזיכרון כמטען יקר המועבר מדור הניצולים אל בני הדור השני והשלישי. הצייר זאב בן-דור, קברניט באל-על ובן דור ההמשך, סיפר על יצירותיו ועל השפעת החיים בצל השואה בבית הוריו על יצירתו האמנותית, ועורר הזדהות.
האסיפה הכללית שמעה דברים מפי יושב ראש העמותה, דיווח כספי וכן דיווח של ועדת הביקורת. כן קוימו בחירות למוסדות העמותה. ד"ר יוסי שוב, יו"ר העמותה, נבחר מחדש בידי האסיפה הכללית לתקופת כהונה נוספת. כמו כן בחרה האסיפה מחדש את הועד המנהל של העמותה לתקופת כהונה נוספת. נבחרה ועדת ביקורת חדשה ועו"ד יצחק לקס, חבר העמותה ומנכ"ל מכללת שערי משפט, נבחר לעמוד בראשה. האסיפה החליטה להקים ועדת דור שלישי, שתרכז את פעילות הדור הצעיר של העמותה, כאשר מרכז הועדה הוא יו"ר העמותה – ד"ר יוסי שוב והמקשר אל הדור השלישי הוא אורן לב. כן החליטה האסיפה להקים ועדה לשיווק, פרסום ויחסי ציבור, ומרכז הועדה הוא שמואל סורק.
הכנס הביא חברים חדשים נוספים לעמותה.
האסיפה הכללית הבאה תיערך במהלך חודש ינואר 2006, לאישור הדו"חות הכספיים ולדיון מעמיק בתחומי פעולה לעתיד.